Wie een Masteropleiding aan de FPTR wil volgen maar geen bacheloropleiding volgde die voldoet aan de toelatingseisen, kan een transitiejaar volgen. De bedoeling van dit schakelprogramma is aan studenten, die een andere opleiding dan theologie en religiestudies volgden of studenten die een seminarieopleiding genoten aan een verwant instituut in binnen- of buitenland, de kans te bieden de ontbrekende noodzakelijke kennis en vaardigheden op te doen. De Transitie Bachelor-Master spijkert bij en werkt hiaten weg.
Daardoor is de vooropleiding en wat daarin ontbrak aan theologische kennis en bekwaamheid inzake religiestudies van doorslaggevend belang voor de samenstelling van het programma. De student kan samen met de decaan het te volgen programma bespreken. De meeste cursussen zijn digitaal op te nemen, behalve de Bijbelse talen. Het programma van het transitiejaar wordt samengesteld door een selectie te maken uit het volledige Bachelor-aanbod.
Zoals bovenstaande tabel aantoont zijn voor de Masteropleiding afstudeerrichting Pastoraat zijn de Bijbelse Talen, de Bijbelwetenschappen en de theologische vakken verplicht, behalve de gedeelten die reeds in de vooropleiding werden gevolgd en waarvan de student een geldig attest kan voorleggen.
Voor de Masteropleiding afstudeerrichting Religiestudies wordt een aangepast programma aangeboden, afhankelijk van de voorafgaande studies die de student heeft voltooid.
In voorkomende gevallen kan de Academische Raad een ‘geleerde samenspraak’ organiseren, waarbij de student samen met de hoogleraren zijn of haar kennis in het betreffende vakgebied aantoont.