De organisatie van de faculteit berust in de handen van de VZW ‘Universitaire Faculteit voor Protestantse Theologie te Brussel’. Ze heeft haar zetel in de Bollandistenstraat 40 te 1040 Brussel. De Algemene Vergadering van de VZW is het hoogste orgaan van de vereniging. Ze kiest uit haar midden de leden van de Raad van Bestuur. Deze raad neemt het dagelijks bestuur waar. Gezien de VZW twee onafhankelijke faculteiten beheert, een Nederlandstalige en een Franstalige, wordt de dagelijkse leiding in gescheiden ‘taalkamers’ opgenomen.
Leden van de Nederlandstalige kamer van de Raad van Bestuur zijn:
- Stijn De Preter (tevens voorzitter van het algemeen bestuur)
- Johan Temmerman (decaan)
Aan de vergaderingen van de kamer neemt ook de regeringscommissaris van de Universitaire Associatie Brussel deel.